De tyrkiske folkene har vært av marginal betydning i global jihadisme. Gruppen Islamic Jihad Union (IJU) kan vise seg å endre dette. Den brøt ut fra Islamic Movement of Uzbekistan (IMU) i 2002, etter Talibans fall. Lederskapet og kjernen av krigere ser ut til å være usbekere, og ideologien trekker på elementer av sosiorevolusjonær islamisme og global jihadisme. Gruppen nevner Tyskland og Usbekistan ofte, men det er lite som tyder på at de følger opp ordene med handling. Hovedvekten av angrep utført av IJU har vært mot amerikanske og britiske soldater i Afghanistan, samt soldater fra den afghanske hæren.
En av IJUs viktigste kommunikasjonskanaler er en tyrkisk-språklig nettside kalt Şehadet Zamanı. Det er uklart hvorvidt valget av språk er bevisst, men valget vil gjøre gruppen kjent blant militante islamister blant kurdere og tyrkere i Tyrkia og Tyskland, samt blant de tyrkiskspråklige folkene i Sentralasia.
I september 2007 ble en terroristcelle med tilknytning til IJU pågrepet i Tyskland. Cellen planla å lage tre ganske kraftige bomber av hydrogenperoksid for å angripe den amerikanske flybasen i Ramstein, samt de usbekiske og amerikanske konsulatene i Tyskland. Gruppen ble ledet av en tysk konvertitt og bestod i hovedsak av tyrkere og tyske konvertitter. I kretsen rundt cellen fantes militante islamister som har oppholdt seg i området Mir Ali i Waziristan, der IJU har sin base. Personer med tilknytning til cellen har også dukket opp i IJUs propagandavideoer, mens de trener eller tar del i operasjoner i Afghanistan og Pakistan. I mars 2008 fikk Tyskland sin første selvmordsbomber, da den bayerske tyrkeren Cüneyt Çiftçi utførte et selvmordsangrep mot en amerikansk militærleir i Afghanistan. Den tyske konvertitten Eric Breininger har også begynt å dukke opp ganske ofte i IJUs propagandamateriell, hvor han fremsetter trusler om terrorangrep mot Tyskland.
IJU ser ut til å være nært knyttet til to grupper i Mir Ali, der de har sin base. De ser ut til å ha et nært samarbeid med en gruppe arabiske krigere som inntil hans død ble ledet av den al-Qaida-affilierte Abu Laith al-Libi. Det har blitt spekulert i hvorvidt han var drivkraften bak IJUs forsøk på å ta kampen til Vesten. IJUs andre viktige allierte er Taliban-kommandanten Jalaluddin Haqqani og hans sønn Sirajuddin. De ønsker en mer Afghanistan-orientert kamp, og foretrekker at jihadistene fokuserer sine krefter i Afghanistan. Etter Abu Laiths død har det vært få tegn på IJUs globale ambisjoner, men skulle noen med lignende ambisjoner ta over etter ham, er IJU rede til å skape flere celler i Tyskland. En slik utvikling kan også gi al-Qaida et fotfeste hos militante islamister blant de tyrkiske folkene.
